Thibaut Courtois trưởng thành từ hệ thống đào tạo của Genk, nơi anh có cơ hội tích lũy kinh nghiệm thi đấu ở môi trường chuyên nghiệp từ khá sớm. Mùa giải 2010/11 trở thành bước ngoặt khi anh góp phần giúp Genk giành chức vô địch quốc gia Bỉ, đồng thời thu hút sự chú ý của nhiều câu lạc bộ lớn tại châu Âu.
